京师大学堂开办之初，就制订了《奏议京师大学堂章程》。这是大学堂的第一个章程。但它是“戊戌变法”的产物，出自于维新派梁启超和康有为之手。慈禧太后害怕维新变法思想影响大学堂，因此，她要张百熙重订一个新章程来加以取代。

    张百熙经过半年多的“谨上溯古制，参考列邦”的反复修订，终于在1902年8月15日上奏所拟章程，贯彻了“端正趋向，造就通才，明体达用”的旨意，含有大学堂以及考选入学、高等学堂、中等学堂、小学堂、蒙学堂的六个章程等，共8章84节（因为自大学堂成立之日起就含统管全国教育的任务，直到1904年2月起才另立相当于教育部的“学务”专管全国的教育工作）。慈禧太后钦准颁行。这是经她本人钦定的，所以就叫《钦定京师大学堂章程》。由于该年为“壬寅年”，所以又叫“壬寅学制”。这是京师大学堂的第二个章程。这个章程首次较全面地反映了我国近代教育史上关于新式学堂的较完整的体系。

    “壬寅学制”虽已公布，但尚未施行。于是，张百熙会同张之洞、荣庆二人共同历经半年之久，七易其稿反复修订之后，于1904年1月13日上奏所拟初等小学堂、高等小学堂、中学堂、高等学堂、大学堂附通儒院、初级师范学堂、优级师范学堂、任用教员、初等农工商实业学堂（附实业补习普通学堂及艺徒学堂）、中等农工商实业学堂、高等农工商实业学堂、实业教员讲习所的十个章程，实业学堂、各学堂管理的两个通则，学务的一个纲要，共7章72节。这是大学堂的第三个章程，称为《奏定大学堂章程》。由于该年为“癸卯年”，所以又叫“癸卯学制”。这个章程对学校系统、课程设置、学校管理都作了具体规定。它不仅使大学堂办学逐步走向正规，而且改变了原有的官学、私学、书院等旧形式，为我国实行现代的新式学制开了先河，并且，它一直沿用到清朝终结的1911年，对后世影响较大。

    张百熙为京师大学堂复校的重建工作作出了卓越的贡献，无怪乎他的学生俞同奎多年后还深怀感激之情说道：“京师大学堂这块园地，是戊戌京师大学堂孙家鼐开垦的，播佳良种子，却是张百熙先生。”

    冯友兰曾讲：“当我进北京大学的时候，学生中正传说管学大臣张百熙的事迹。他可以说是在蔡元培以前的对于北京大学有贡献的一位校长。”(作者：钱耕森)